(一)協議時應作成協議紀錄，協議紀錄應記載事項請依國家賠償法施行細則第23條規定辦理，協議紀錄影送請求權人。
(二)協議時應依國家賠償法施行細則第15、16條規定通知關係人到場陳述意見。
(三)協議成立時應製作協議書1式6份，協議書應記載事項請依國家賠償法第27條規定辦理。協議成立後10日內函送協議書1份予請求權人。
(四)一級機關協議賠償金額逾50萬元者，應檢卷送法制局依規核定。二級機關協議賠償金額逾30萬元者，應報請直屬上級局、處核定；逾50萬元者，應檢卷送法制局依規核定。
(五)協議不成立時應依請求權人之申請發給協議不成立證明書，並教示請求權人得提起損害賠償訴訟。